Проблема

When you’re using modules in an AIR application, the module SWF must be located in the same directory as the main application SWF or one of its subdirectories.

Для нас это значит, что:

• Просто так загрузить модули в debug-режиме из папки вне bin-debug Вашего проекта нельзя. Также нельзя загружать модули по абсолютным путям (причем даже из bin-debug).
• Просто так загрузить модули в AIR-приложение с какого-либо сервера нельзя.

VerifyError: Error #1014: Class mx.modules::Module could not be found.
	at flash.display::MovieClip/nextFrame()
	at mx.core::FlexModuleFactory/deferredNextFrame()

Решение

Существует обход этого запрета. Достаточно предварительно загрузить .swf-файл через URLLoader, а затем загружать модуль не по ссылке, а как ByteArray:

P.S

Аналогичная проблема существует для стилей, там это решается через monkey-patching StyleManagerImpl.